El Hospital de la UPR es una institución privada sin fines de lucro adscrita al Recinto de Ciencias Médicas (RCM) y es la principal institución de enseñanza médica de la Universidad.

La Junta de Directores del Hospital está compuesta por el Presidente de la Universidad de Puerto Rico, el Decano de la Escuela de Medicina del RCM, el Rector del RCM, un miembro de la Junta de Síndicos de la Universidad de Puerto Rico, y tres miembros adicionales. Estos tres miembros son nominados por el Presidente de la Universidad y ratificados por la Junta de Síndicos de la Universidad de Puerto Rico, disponiéndose que uno de los tres miembros adicionales deberá ser un Administrador de Servicios de Salud.

La Junta de Directores es legal y moralmente responsable por los servicios que ofrece el Hospital UPR ante la Junta de Síndicos de la Universidad de Puerto Rico, la comunidad y ante sí mismo en todos los asuntos relacionados con la dirección, administración y servicios de esta institución.